Las entidades que conforman la MADEMS son:

Escuela Nacional Colegio de Ciencias y Humanidades

Escuela Nacional de Estudios Superiores Morelia

Escuela Nacional Preparatoria

Facultad de Ciencias

Facultad de Ciencias Políticas y Sociales

Facultad de Estudios Superiores Acatlán

Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán

Facultad de Estudios Superiores Iztacala

Facultad de Filosofía y Letras

Facultad de Medicina

Facultad de Psicología

Facultad de Química

Instituto de Investigaciones Filológicas

Instituto de Investigaciones Sobre la Universidad y la Educación

Instituto de Matemáticas